公元1755年至1759年，在平定准噶尔地方的割据势力后，清朝完成了对新疆的统一。新疆位于清朝边陲，连接东亚和中亚，位于亚洲大陆腹地，其地理位置非常重要，同时作为东西方的交通枢纽，在经济、社会、文化的交流上有着举足轻重的地位。因为新疆幅员辽阔、民族构成复杂，如1760年乾隆给陕甘总督杨应琚的谕令：“新辟疆土如伊犁一带，距内地远，一切事宜难以遥制。”，需要设置符合地方情况和国家要求的治疆策略。

清朝治疆政策首先与国家对于边疆和少数民族的认知高度相关。秦汉以来，受儒家思想影响，我国表现出区分中原地区民族和边疆地区民族的思想，并轻视边疆民族为“夷狄”。因清王朝统治者为少数民族的满族，因此，清朝主张“大一统”的民族和治疆思想，即认为疆土所在之地无论多远都是统一国家的部分，边疆民族与中原民族没有华夷之分。此思想在乾隆五十二年训斥陕西巡抚巴延三使用“夷狄”一词时得到体现：

“本日巴延三奏报前藏达赖喇嘛遣使过境日期一折,内称‘夷使’字样,甚属错谬。国家中外一家，况卫藏久隶版图，非若俄罗斯之尚在羁縻，犹以外夷目之者可比。自应以来使堪布书写为是。乃一任庸劣幕友混行填写夷使字样，率而具奏。巴延三于此等陈奏事件全不留心寓目，何至糊涂若此? 著传旨严行申饬!”

                                             ——《清高宗实录卷》

清朝统治者对边疆少数民族原有的社会习俗、宗教信仰较为尊重，而这也这也是其采用 “因俗治边 ”政策的重要思想基础 。在清朝治疆初期，驻防制、伯克制、州县制、屯防制等制度同时并存，对新疆的管理极为不便，后经君臣的反复商议，决定推行军府制为主的策略。乾隆二十七年(1762)，清政府正式任命明瑞为“总管伊犁等处将军”，伊犁将军的主要职责是：“山南、山北皆听节制 ”，“统辖天山南北各新疆地方、驻防官兵调遣事务 ”“操练营伍，广辟屯田” 伊犁将军是天山南北最高的军事行政长官，由满族亲贵或蒙古重臣出任。军府制是一种军政合一、以军统政的行政管理制度，军事长官兼管行政。伊犁将军统管全疆军政事务，并在各地派驻办事大臣管理地方事务，增强了其行政管理职能，二者相结合，中央政权在对新疆的统治体制上更为完备。在地方行政体制上，根据新疆各地不同的历史情况和民族特点，实行了三种不同的行政管理制度：设立州县、札萨克制和伯克制。清朝在天山北路东部的巴里坤、乌鲁木齐等地区推行了与内地相同的州县制度，主要施行于北疆及南疆东部内地民人移居较多的地区。札萨克制是清朝根据八旗制度的组织原则，在蒙古原有的社会基础上建立的统治制度，具备军政合一的性质，由于这种体制形式比较适合游牧部落的社会特点，因此清政府将这一制度运用于新疆地区以游牧为生的卫拉特蒙古及哈萨克等部落。伯克制度是维吾尔族的社会统治制度，其存在较早，清朝保留了该制度并进行了一定的修正。 清政府在西北边疆民族地区实施的“因俗设官”制度, 充分利用了边疆各族上层人士熟悉本民族的历史特点和生活情况的特征，以及他们在本民族中的威望和政治号召力，达到了化解矛盾、减少摩擦和促进团结的目的。

伊犁将军及参属大臣巡边路线（引用自：星球研究所）

清代“因俗设官”“因俗而治”，对边疆地区的稳定和国家的长治久安起到积极作用。作为中国最后一个封建王朝，清朝的治疆政策具有很强的历史继承性，其治疆策略延续了西汉代以来的屯垦戍边传统，又在大一统的治疆思想下制定了明确的政策目标，从而构建了从中央到地方的完善行政机制保障政策效果。可以说，清朝对新疆的统治方略是集各代对新疆统治的精要而成，深刻体现了“因俗而治”的边疆治理传统，同时又有效维护了边疆稳定。通过对清朝治边经验进行深刻总结，将有利于“一带一路”战略的实施，完善包括新疆生产建设兵团在内的新疆维吾尔自治区治理制度，从而对现代边疆治理贡献智慧。